La secuenciación de extremos emparejados se define como un proceso para secuenciar ambos extremos del fragmento y generar datos de secuencia alta. La secuenciación de extremos emparejados detecta el reordenamiento genómico, los elementos de secuencia repetitivos, la fusión de genes y las transcripciones novedosas. Dado que es más probable que las lecturas emparejadas se alineen con una referencia, la calidad de todo el conjunto de datos mejora. Todos los sistemas Illumina NGS (secuenciación de próxima generación) son capaces de secuenciación de extremo emparejado. Las lecturas de secuenciación de ADN de extremos emparejados proporcionan una alineación superior en las regiones de ADN que contienen secuencias repetitivas y producen contigs más largos para la secuenciación de novo al llenar los vacíos en la secuencia de consenso.
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